Nggak semua persilangan menghasilkan rasio fenotipe klasik 3:1 atau 9:3:3:1. Ada pola pewarisan yang kelihatan "menyimpang" dari Hukum Mendel, padahal sebenarnya hukum Mendel tetap berlaku di tingkat gen, cuma interaksi antar gennya beda. Makanya disebut penyimpangan semu.
1. Atavisme (Interaksi Gen)
Dua gen berbeda saling mempengaruhi ekspresi fenotipe yang sama, menghasilkan sifat baru yang tidak muncul pada induknya. Contoh klasik: bentuk jengger ayam (rose, walnut, single, pea) hasil interaksi gen R dan P, dengan rasio F2 9:3:3:1 tapi 4 fenotipe berbeda dari yang biasa.
2. Polimeri
Beberapa gen berbeda (nonalel) mempengaruhi sifat yang sama secara aditif/kumulatif. Contoh: warna kulit gandum, semakin banyak alel dominan, semakin gelap warnanya. Rasio F2: 15 berwarna : 1 tidak berwarna.
3. Kriptomeri
Gen dominan yang tersembunyi (tidak muncul efeknya) sendirian, tapi muncul kalau berinteraksi dengan gen dominan lain. Contoh: warna bunga Linaria maroccana, ungu muncul hanya kalau gen A (antosianin) dan B (basa) sama-sama dominan. Rasio F2: 9 ungu : 3 merah : 4 putih.
4. Epistasis-Hipostasis
Satu gen dominan menutupi ekspresi gen dominan lain yang berbeda lokus (epistasis menutupi, hipostasis yang ditutupi). Contoh: warna kulit gandum, gen hitam epistasis terhadap gen kuning. Rasio F2 bisa 12:3:1 (epistasis dominan) atau 9:3:4 (epistasis resesif).
5. Gen Komplementer
Dua gen dominan dari lokus berbeda harus sama-sama ada untuk memunculkan suatu sifat; kalau salah satu resesif homozigot, sifat tidak muncul. Contoh: bentuk bunga Lathyrus odoratus, ungu muncul hanya kalau kedua gen dominan (C dan P) ada bersamaan. Rasio F2: 9 ungu : 7 putih.
6. Gen Letal
Alel tertentu (biasanya homozigot) menyebabkan kematian individu sebelum atau segera setelah lahir. Contoh: gen letal dominan pada ayam Redep (creeper), rasio yang diharapkan 3:1 berubah jadi 2:1 karena 1 kombinasi genotipe letal.
Semua penyimpangan ini tetap taat prinsip dasar Mendel (segregasi dan pemisahan alel bebas), cuma rasio fenotipenya beda karena ada interaksi gen tambahan.
